Service d'anesthésie - GHRMSA

Réalisation d'un questionnaire

DEGOUL Samuel — 2023-02-21T17:00:00Z

Sommaire

1 - Présentation

Support d'un cours dispensé sur le sujet de la confection de questionnaire à but de recherche.

NB : Le contenu étant revu à chaque nouveau cours, n'est disponible que la dernière version correspondant au dernier cours dispensé.

Support de présentation = carte heuristique réalisée avec le logiciel libre Freeplane

Fichier source (format Freeplane 1.7.10)

S Degoul

Format image (PNG)

2 - Sessions

20/05/20 : étudiants en 3^e années de kinésithérapie à l'IFMK d'Alsace (en visioconférence). Présentation vidéo du cours disponible ici
08/02/21 : étudiants en 3^e années de kinésithérapie à l'IFMK d'Alsace (en visioconférence). Enregistrement vidéo du cours en visioconférence disponible ici
02/02/22 : étudiants en 3^e années de kinésithérapie à l'IFMK d'Alsace
21/02/23 : étudiants en 3^e années de kinésithérapie à l'IFMK d'Alsace

NB : Les vidéos utilisent des instances de la plateforme PeerTube.

3 - Exemples

3.1 - Enquête « Impact psychologique du COVID-19 sur les soignants et aidants »

(avec la permission des auteurs)

Référence : E Ledroit, L Lago-Gonzalez, N Cazenave. Université Toulouse et CERPPS, 04/2020.
Caractéristiques :
- questionnaire en ligne, diffusion dans plusieurs centres de soin en France
- plateforme utilisée : Limesurvey

Bien !
On voit que les auteurs se sont donnés du mal de bien faire les choses.

Flyer de présentation envoyé par courriel

E Ledroit, L Lago-Gonzalez, N Cazenave

Notice d'information et recueil du consentement au début du questionnaire en ligne

E Ledroit, L Lago-Gonzalez, N Cazenave

Avertissement relatif à l'impact potentiel du questionnaire sur le répondant : empathie bienvenue ++

E Ledroit, L Lago-Gonzalez, N Cazenave

3.2 - Enquête « Déambulation au bloc opératoire dans la région Grand-Est »

Référence : K Kolbecher, S Degoul, P de la Caffinière. Mémoire de DES d'anesthésie-réanimation, CHU de Strasbourg. En cours (02/2021)
Caractéristiques :
- questionnaire en ligne, diffusion dans plusieurs centres de soin
- nominatif
- plateforme utilisée : Limesurvey

Mail d'invitation
Questionnaire. Export HTML statique, avec affichage conditionnel des items évidemment non fonctionnel et quelques défaut d'affichage

Décompresser l'archive puis ouvrir le fichier .html avec un navigateur web

NB : les attributs indiqués entre accolades sont complétés automatiquement pas LimeSurvey lors de l'affichage de questionnaire ou l'envoi automatique des invitations par courriel.

3.3 - Audit sur la pratique de la réhabilitation précoce en chirurgie digestive

Référence : E Valero, S Degoul. Audit sur la sur la récupération améliorée après chirurgie digestive. GHRMSA. En cours (02/2021)
Caractéristiques :
- questionnaire papier, monocentrique
- nominatif
- outil utilisé pour importer semi-automatiquement les données : SDAPS

Notice d'information pour les patients

Format PDF

Format DOCX
Questionnaire
Illustration de l'utilisation de SDAPS

3.4 - Contre-exemple : un questionnaire mal structuré

Référence : gardée confidentielle

Questionnaire

Décompresser l'archive puis ouvrir le fichier .html avec un navigateur web

Problèmes :
- la présentation du sujet ne donne pas envie de répondre
- configuration de plusieurs items inadaptée
- pas de conclusion, remerciement...

Introduction à l'analyse de données

DEGOUL Samuel — 2023-01-19T19:08:00Z

Sommaire

4 - Présentation

Support de différents cours dispensés sur le sujet de l'analyse de données de mémoires et thèses.

Fichier source (format Freeplane 1.7.10)

Format image (PNG)

Cet autre cours est dédié au « recueil de données »

5 - Dates

Le contenu étant revu à chaque nouveau cours, n'est disponible que la dernière version correspondant au dernier cours dispensé.

05/10/22 : étudiants de l'IFMK d'Alsace, 4^e année (en visioconférence)
19/01/23 : étudiants IADE, école d'IADE de Strasbourg (en visioconférence)

6 - Ressources de démo

Les fichiers tableurs ont été réalisés avec le logiciel LibreOffice dont le format natif est ods. Autant cela n'influe pas le format CSV, autant les fichiers au format xlsx peuvent présenter quelques dysfonctionnements lors d'utilisation de fonctions avancées (quelques formules et graphiques).
Pour comprendre un peu mieux la notion de « format de fichier », voir ce cours.

6.1 - Données très simples

Données fictives avec deux variables :

taille
sexe

Données brutes :

format CSV

Dans un tableur avec des analyses dans une feuille dédiée :

format ods

format xlsx

Message :

La représentation graphique de la distribution d'une variable quantitative n'est pas simple avec un tableur.

6.2 - Quelques analyses avec un tableur

Données [1] d'une étude sur la santé mentale en prison.

Variables :

âge
profession
nombre d'enfants
risque suicidaire (« rs ») : variable qualitative codée en niveaux de 1 à 3 dont je ne me souviens plus la signification
dépression constitutionnelle : variable binaire
épisode dépressif (« ed ») : variable qualitative codée en niveaux de 1 à 3 dont je ne me souviens plus la signification

Données brutes :

format CSV

Dans un tableur avec des analyses associées dans des feuilles dédiées (ou presque) :

format ods

format xlsx

Analyses avec un « vrai » logiciel de statistiques, ici R (= langage de programmation, comme Python)

script d'analyses en langage R

Message :

On peut se débrouiller avec un tableur pour un certain nombre de choses.
Néanmoinns, parfois des manipulations complexes pour obtenir un résultat « simple » : donc risque d'erreur ++. Pour info, une erreur historique liée à l'utilisation d'Excel pour des statistiques, en économie : un simple oubli d'extension d'une formule...
Vouloir absolument coder toutes les variables catégorielles avec des chiffres (par ex. « 1 » = « un peu », « 2 » = « modérément »...) n'a pas de sens : peut induire des erreurs à la saisie (par confusion de codes) et rend les données moins compréhensibles. Une exception : les variables binaires qu'on code volontiers « 0 » et « 1 »

6.3 - De « vraies » analyses statistiques

Données d'une étude sur le rapport bénéfice/risque de l'utilisation d'un cathéter de Swan-Ganz en réanimation (dont les résultats ont d'ailleurs fait presque abandonner celui-ci).

Données brutes :

données avec erreurs - format CSV

données propres - format CSV

Analyses statistiques avec un « vrai » logiciel de statistiques, ici R :

script d'analyses en langage R

Message :

Importance des statistiques descriptives pour vérifier chaque variable avant de poursuivre les analyses.

[1] ... anonymisées et partielles bien sûr !

Rédaction scientifique (mémoire, thèse)

DEGOUL Samuel — 2022-09-08T14:00:00Z

Sommaire

4 - Présentation

Support de différents cours dispensés sur le sujet de la rédaction scientifique en médecine. Concerne mémoires, thèses et articles, les principes restant les mêmes.

Aspects abordés :

contenu : plan IMReD, organisation des sous-sections à l'intérieur de chaque partie,
forme :
- bien définir la structure du document (fait partie du sens du message) et laisser au logiciel de traitement de texte le soin de la typographie (apparence visuelle),
- notion de format de fichier,
aperçu de la notion de licence de publication (voir à ce propos cet article).

Support de présentation (MÀJ 08/09/22)

Notes prises en live pendant le cours du 21/10/2020.

Exemples tirés de mémoires passés en 2020

Quelques notes en vrac dans une carte mentale (logiciel Freeplane).
Légende : « - » rouge = bof, « + » vert = bien.

Archive contenant carte mentale et images associées

Matériel pour s'entraîner à l'utilisation du logiciel de traitement de texte, préférentiellement LibreOffice, ou un autre gérant nativement le format OpenDocument. Voir le fichier README.pdf pour la signification de chaque fichier.

Matériel

5 - Dates

Le contenu étant revu à chaque nouveau cours, n'est disponible que la dernière version correspondant au dernier cours dispensé.

04/02/19 : internes du GHRMSA
25/03/19 : internes du GHRMSA
11/04/19 : étudiants de l'IFMK d'Alsace, 4^e année (site de Mulhouse, transmission vidéo vers le site de Strasbourg)
21/10/20 : étudiants de l'IFMK d'Alsace, 4^e année (site de Mulhouse, transmission vidéo vers le site de Strasbourg)
09/03/21 : internes du GHRMSA
13/09/21 : étudiants de l'IFMK d'Alsace, 4^e année (site de Mulhouse, transmission vidéo vers le site de Strasbourg)
08/09/22 : étudiants de l'IFMK d'Alsace, 4^e année (en visioconférence)

6 - Divers

Fichiers source à l'origine du document support de présentation :

Sources

Réglementation et organisation de la recherche

DEGOUL Samuel — 2021-11-08T09:00:00Z

Sommaire

9 - Présentation

Support d'un cours dispensé sur le sujet de la réglementation et l'organisation de la recherche clinique.

Support de présentation

S Degoul

10 - Dates

Le contenu étant revu à chaque nouveau cours, n'est disponible que la dernière version correspondant au dernier cours dispensé.

04/09/19 : étudiants en 3^e années de kinésithérapie à l'IFMK d'Alsace (site de Mulhouse, transmission vidéo vers le site de Strasbourg),
20/05/20 : étudiants en 3^e années de kinésithérapie à l'IFMK d'Alsace (en visioconférence
07/12/20 : étudiants en 3^e années de kinésithérapie à l'IFMK d'Alsace (en visioconférence)
08/11/21 : étudiants en 3^e années de kinésithérapie à l'IFMK d'Alsace (en visioconférence)
23/11/22 : étudiants en 3^e années de kinésithérapie à l'IFMK d'Alsace (en visioconférence)

Support de présentation orale

DEGOUL Samuel — 2021-10-06T09:26:39Z

Pour l'instant, il ne s'agit pas d'un cours mais de la compilation de quelques notes.

Appelé classiquement « PowerPoint », on parlera plutôt d'un diaporama, terme plus générique et plus indépendant vis-à-vis du logiciel d'édition : Microsoft (MS) PowerPoint^® n'est ni le seul logiciel pour cela, ni le meilleur !

11 - Bonnes pratiques

À venir... (partie la plus importante ++)

11.1 - Écueils fréquents

11.1.1 - Références

Voir cette synthèse intéressante des critiques des logiciels de présentation sur Wikipedia

12 - Aspects techniques

12.1 - Format

Cf. ce cours sur la composition documentaire pour comprendre ce qu'est un format de fichier et ses implications.

On privilégie toujours l'utilisation d'un format ouvert.

12.1.1 - Pour l'édition

Formats ouverts :
- OpenDocument presentation (odp)
- LaTeX Beamer : beaucoup plus geek, nécessitant un effort de prise en main, mais permettant un rendu impeccable pour des documents structurés, avec, notamment, la présence sur toutes les diapo d'un sommaire montrant l'avancement de la présentation [1].
Formats moins ouverts :
- Office Open XML presentation (pptx, et j'insiste sur le « x » : bannir le « ppt » !) : officiellement, c'est un standard ISO comme l'odp, mais en pratique, il s'agit plus du résultat d'un monopole commercial dont l'interopérabilité est partielle,
- formats carrément fermés, non interopérables, notamment :
  - ppt : format historique de MS PowerPoint^®, qui ne doit plus être utilisé
  - formats purement commerciaux tel celui du logiciel Keynote^® : à bannir, même si les logiciels concernés sont « beaux », « pratiques »... Nous ne sommes pas des vendeurs de marchandises [2] ; notre but est un travail scientifique, dont le caractère diffusable et interopérable est une nécessité.

12.1.2 - Pour la présentation (le jour J)

Format PDF à privilégier : tous les ordinateurs à partir desquels vous projetterez le support ont un logiciel lecteur de PDF (et si ce n'est pas le cas, vous êtes en droit de râler !!)
- avantages : certitude d'une reproductibilité parfaite de votre diaporama
- inconvénients : format statique, fonctionnement incertain des vidéos intégrées et non compatible avec les animations. Néanmoins, ces dernières sont plutôt déconseillées, sauf les animation d'apparition-disparition « simples » que permet le format PDF (une nouvelles diapositive pour chaque apparition-disparition)
Formats d'édition vus ci-dessus : risque de mauvaise surprise si le logiciel présent sur l'ordinateur ne gère pas le format exactement de la même façon que celui que vous avez utilisé pour l'édition
- c'est le cas entre deux logiciels différents, notamment LibreOffice^®/OpenOffice^® versus MS PowerPoint^® pour les formats odp et docx,
- mais ça peut être aussi le cas entre deux versions d'un même logiciels ! Problème super-classique rencontrés par des conférenciers ayant préparé un fichier avec une version récente de MS PowerPoint^® sur leur ordinateur et projetant leur présentation sur un ordinateur disposant d'une version plus ancienne du logiciel.

12.2 - Logiciels (pour l'édition)

Selon le format d'édition choisi :

odp : LibreOffice^®, OpenOffice^® (moins maintenu actuellement), Kalligra^®, services cloud tel la suite bureautique de Google^®, OnlyOffice^®... [3]
docx : MS PowerPoint^®, services cloud sus-mentionnés. Les logiciels libres tels LibreOffice^® peuvent le générer, mais le support n'est pas complet et il y a un risque de changements du formatage en ouvrant le fichier avec MS PowerPoint^®
LaTeX : ceux qui pratiquent LaTeX n'ont pas besoin d'aide pour trouver leur logiciel d'édition.
- une pensée pour Org-mode pour Emacs qui permet d'éditer du LaTeX beaucoup plus simplement et booster la productivité d'édition une fois bien pris en main ++ [4].

Concernant les services cloud, en général, Google^® : mêmes s'ils peuvent s'avérer « pratiques » pour l'édition (partage de fichier, édition à distance...), ne pas compter sur la version en ligne le jour de la présentation !

En effet, que ferez-vous en cas :

de problème de connexion à Internet ?
d'incompatibilité du navigateur web présent sur l'ordinateur servant à la projection ? (généralement, vieux navigateur pas à jour)

Donc, toujours disposer avec vous d'une version en local (clé USB...), dont une version PDF si possible.

13 - Exemples

13.1 - Synthétiser l'information

Il ne s'agit pas à proprement parler d'un diaporama mais d'un poster. Néanmoins, il donne un exemple de synthèse intéressant : 1 étude clinique complète sur une feuille (l'équivalent de 2-3 diapositives). Et encore, il y a trop de blabla par rapport aux support de présentations : les posters sont aussi destinés à être consultés hors des sessions de présentation orale.

Poster pour un congrès (SFAR 2018)

[1] La plupart des supports de présentation de S Degoul sur ce site ont été réalisés par ce moyen

[2] Allusion directe aux représentants des laboratoires pharmaceutiques

[3] C'est là l'intérêt d'un format vraiment libre : le fichier généré ne dépend pas du logiciel d'édition, dont le choix reste libre selon les préférences de l'utilisateur (habitude, ergonomie...)

[4] Les supports de présentation de S Degoul basés sur LaTeX Beamer sont souvent édités via Org-mode. Voir les fichiers sources généralement disponibles en fin d'article, notamment pour les cours.

Recueil de données pour une petite étude

DEGOUL Samuel — 2020-12-07T12:55:11Z

Sommaire

14 - Contexte

Le recueil de données de santé à but de recherche est particulièrement visé dans cet article, même si les conseils techniques concernant la création d'un tableau de données ont une portée assez générique et peuvent être appliquées pour des études non cliniques.

Il faut donc bien avoir compris :

ce qu'est une donnée de santé : voir le site de la CNIL à ce propos,
la réglementation relative à la recherche clinique : cf. le cours s'y rapportant dans cet article.

Un des principes fondamentaux est qu'on ne peut recueillir que les données justifiées par l'étude.

Ce recueil de données doit être autorisé :

étude prospective, de type RIPH (loi Jardé) : accord d'un CPP, déclaration à la CNIL,
étude rétrospective : déclaration à la CNIL (ou déclaration de conformité à une norme « méthode de référence »).

15 - Réglementation, sécurité des données

15.1 - Données recueillies

15.1.1 - Anonymisation

C'est une condition indispensable.

Ainsi, il convient :

de ne mettre aucune donnée directement nominative dans le recueil principal des données : nom, prénom, n° de sécurité sociale (NIR), adresse, date de naissance, sauf si explicitement justifiée (par ex., nécessité d'un calcul précis de l'âge à partir de la date de naissance),
de limiter les informations indirectement nominatives (par recoupement). Par ex., un acte chirurgical rare, un établissement de soin et une date opératoire indiquent potentiellement un unique patient.

Pourtant, il faut conserver une correspondance entre les données recueillies et l'identité des sujets, ne serait-ce que pour permettre un contrôle de la qualité du recueil. Pour ce faire, la méthode de référence est d'établir une liste de correspondance entre identité et n° d'anonymat, conservée au sein de l'établissement de santé où s'effectue la recherche. Dans le recueil de données ne doit apparaître que le n° d'anonymat.

Cas des identifiants internes à l'établissement, c'est-à-dire n° IPP (patient) ou IEP (séjour) : leur utilisation comme n° d'anonymat est normalement proscrite car ils sont directement nominatifs.
Néanmoins, ils peuvent parfois être un bon compromis pour les « petites » études internes type mémoire d'étudiant :

établissement d'un fichier de correspondance pérenne et fiable non possible car l'étudiant gère à peu près seul son travail et n'a qu'un accès à l'établissement limité dans le temps (pas de classeur investigateur). Ces identifiants sont fiables dans le temps (à condition d'utiliser le copier-coller pour éviter toute erreur de saisie !),
faible risque lié à la rupture d'anonymat : vis-à-vis d'un tiers externe à l'établissement, qui n'a pas accès à son système d'information (SI), ces numéros remplissent leur fonction d'identifiant anonyme ; un personnel de l'établissement peut rompre facilement l'anonymat, mais ce n'est souvent pas un problème dans la mesure où il a déjà accès à l'information source (dossier patient) via son accès au SI,
enfin, ils permettent de faire la jointure avec d'éventuels exports automatiques de données du dossier patient informatisé. Bien sûr, dans la mesure du possible, cette fusion devrait être réalisée en interne, puis le tableau de données devrait être anonymisé.

15.1.2 - Conformité au protocole

C'est simple : seules les données nécessaires et suffisantes pour répondre aux objectifs fixés doivent être recueillies.

Donc il faut avoir fait à l'avance un protocole a minima avec des objectifs et critères de jugements définis précisément.

15.2 - Support de stockage

15.2.1 - Recueil primaire : CRF

Les données recueillies pour la recherche doivent pouvoir être vérifiables, c'est-à-dire se baser sur des données dites « sources » présentes dans le dossier médical du patient, qu'il soit papier ou électronique.

Ce recueil se fait via un CRF, et les données qu'ils contient sont considérées comme la référence pour la suite de la recherche (analyses). Il s'agit de formulaire(s) sous forme :

papier,
électronique (eCRF), système dédié à la recherche clinique et agréé pour l'hébergement de données de santé. C'est très rare de pouvoir en disposer pour une « petite » étude. Il est par contre interdit d'utiliser un système générique de recueil, tels Google Form, SurveyMonkey...

Les CRF ne sortent jamais de l'établissement de la recherche

À partir du CRF, les données doivent être agrégées sous forme tabulaire pour pouvoir être analysées (fichier tableur). Ce travail est manuel dans le cas d'un CRF papier, automatique dans le cas d'un eCRF.

NB : pour les plus geeks (mais alors très geeks), le logiciel libre SDAPS permet d'importer quasi-automatiquement des données saisies sur formulaire papier.

15.2.2 - Tableau de données

15.2.2.1 - Fichier informatique local

Procédures de sécurité :

au mieux : la réglementation prévoit que les données restent dans l'établissement où se déroule la recherche et n'en sortent jamais (seuls les résultats anonymisés peuvent en sortir, pour publication), donc que le fichier reste dans son SI,
en pratique, et là encore pour les « petites » études d'étudiants qui sont obligés de travailler chez eux sur leur ordinateur personnel, il est obligatoire de protéger les données recueillies :
- a minima bloquer l'accès au fichier par un mot de passe (fonctionnalité du logiciel tableur),
- au mieux utiliser une méthode de chiffrement fort du(des) fichier(s). On citera par ex. le logiciel libre Veracrypt (limites : on ne peut l'utiliser que sur son ordinateur, où l'on dispose de droits administrateur).

15.2.2.2 - Fichier distant

Dans le cas de données de santé, il est interdit d'utiliser un système cloud générique tels Google Drive, iCloud...

Il est nécessaire de disposer d'un hébergement agréé pour données de santé. Autant dire que c'est le plus souvent inacessible pour les « petites » études.

15.3 - Sauvegarde

La réglementation exige une pérennité des données contenues dans les CRF (15 ans). C'est à l'établissement responsable de la recherche de s'en charger (archivage des CRF papier, sauvegardes informatiques...).

Concernant le tableau de données, une bonne gestion du processus de sauvegarde permet d'éviter les pertes d'information et de s'épargner du travail.
Les principes sont simples :

supports distincts et distants : sauvegarder sur un ordinateur portable et un clé USB, c'est bien, mais si la clé USB est dans la sacoche de l'ordinateur et que le tout est volé, c'est très bête !
sauvegarde régulière : se rendre compte, quand on a perdu un fichier, que la dernière sauvegarde remonte à six mois, c'est aussi très bête !
gestion de version : écraser un nouveau fichier avec un ancien fichier, c'est là encore très bête !

Tous ces exemples « très bêtes » font légion parmi les expériences de thésards. On n'y pense généralement que trop tard.

Exemple de gestion :

renommage des fichiers avec la date à chaque édition (au format AA-MM-JJ : classement automatique des fichiers dans le bon ordre, contrairement à JJ-MM-AA où le fichier 05-11-20 se placera entre le 01-03-20 et le 23-01-20),
à chaque édition, copier systématiquement le fichier sur un autre support de stockage,
sauvegarde externe toutes les semaines, dont un ordinateur de l'établissement de recherche si possible,
...

Une mesure d'hygiène numérique : apprendre à installer des backups automatisés ! Voir une liste ici, par ex. FreeFileSync.

16 - Faire un tableau de données

L'objectif est de disposer de données propres pour effectuer les analyses statistiques.

Il s'agit en général d'un fichier tableur. Il convient d'utiliser un format de fichier standard et ouvert pour faciliter l'échange d'informations entre plusieurs intervenants et assurer leur pérennité :

format XLSX : logiciel Microsoft Excel ≥ 2007, mais LibreOffice convient bien aussi,
format ODS, à préférer car vrai standard ouvert : logiciels LibreOffice, OpenOffice...
Voir cet article pour en savoir plus sur les formats de fichiers.

16.1 - La règle des « 1 »

16.1.1 - 1 feuille = 1 tableau

D'une façon générale, les logiciels de statistiques attendent des tableaux « à plat », à deux entrées, avec un nombre de colonnes identiques pour toutes les lignes. L'import des informations d'une feuille de calcul vers ces logiciels sera donc facilité si elle ne contient qu'un seul tableau, et rien d'autre.
S'il est nécessaire d'enregistrer des informations non contenues dans le tableau de données, comme des listes de choix prédéfinis, des résultats de calculs (par ex., somme ou moyenne des colonnes), des graphiques..., les disposer dans une autre feuille du fichier.

Éviter autant que possible de scinder les données en plusieurs tableaux. Ceci n'est justifié que dans de rares cas où un ensemble de variables données est enregistré de façon répétitive pour chaque sujets d'étude. Par ex., si l'étude prévoit le recueil de détails concernant des traitements pris par un patient, avec nom de molécule, posologie, date de début..., avec un nombre indéfini de traitements par patient, il serait judicieux de créer un 2^e tableau (sur une 2^e feuille) et enregistrer un traitement par ligne, avec une colonne contenant l'identifiant patient pour faire le lien avec le tableau principal.
Par contre, scinder un tableau juste pour différencier des groupes de patients (avec les mêmes variables) est contre-productif. Par ex., au lieu de faire un tableau pour les patients traités et un autre pour les témoins, tout enregistrer dans un seul et unique tableau et indiquer le groupe (« traité » / « contrôle ») par une variable (colonne).

16.1.2 - 1 ligne = 1 individu

On entend « individu statistique ». Il s'agit en général d'un patient, mais pas toujours. Ainsi, dans l'exemple ci-dessus du 2^e tableau pour enregistrer les traitements d'un patient, l'invidu est ici, pour ce tableau précis, le traitement.

Un numéro d'identification, souvent dans la 1^ere colonne, doit permettre de désigner un individu de manière unique, et peut servir à « faire le pont » avec les données d'un autre tableau. Il s'agit généralement du n° d'anonymat (cf. ci-dessus), suite arithmétique simple ou n° d'identification d'une source externe.

1^ere ligne
Une exception, la(les) première(s) ligne(s), qui doit(vent) servir pour désigner les noms de variables.

16.1.3 - 1 colonne = 1 variable

Tout est dit : une colonne doit servir au recueil d'un seule variable, prévue dans le protocole.

Question à choix multiples
Une question à choix multiples cache en fait plusieurs variables binaires. Il est en effet souvent peu opportun d'entrer plusieurs valeurs dans une cellule.
Ainsi, à la question « cochez le(les) médicament(s) en cours (parmi ces 5 propositions) » correspondra à cinq variables binaires : Traitement1 « oui » / « non », Traitement2 « oui » / « non », ... Traitement5 « oui » / « non »

Ainsi, ne pas laisser de ligne ou colonne vide juste à but « esthétique », pour séparer des groupes, aérer la présentation... Les fonctions de formatage (dimensions des lignes et colonnes, couleurs...) sont là pour ça !

16.1.4 - 1 cellule = 1 valeur

Valeur = contenu textuel

Les valeurs correspondent au texte (caractères) saisis et nullement à autre chose ; ainsi, l'information apporté par la couleur d'une cellule ne sera pas prise en compte au moment des analyses.

Exceptions : plusieurs valeurs dans une cellule
Dans de rares cas, ceci peut être nécessaire quand le nombre de réponses choisies à une question à choix multiples ne peut être connu à l'avance. Par ex., la liste de germes trouvés dans une hémoculture ne peut être modélisée par :

un certain nombre de variables tel Germe1, Germe2, Germe3 : combien faire de colonnes ? Quid si un seul patient a 4 germes ? De plus, comment attribuer les germes aux colonnes, c'est-à-dire quelle signification des n° d'ordre « 1 », « 2 », « 3 » ?
une variable binaire par germe possible : une liste exhaustive créable à l'avance est-elle vraiment possible (et raisonnable) ?

La création de nouvelle variable au fur et à mesure du recueil des données est déconseillée, car source d'erreur.
Dans ce cas, une solution est de saisir une liste de bactéries séparées car un caractère dédié, qu'on ne risque pas de retrouver dans les noms de bactéries eux-mêmes, comme un caractère de ponctuation.

NB : pour des listes de phrases pouvant contenir de la ponctuation, le caractère « | » (AltGr + 6) fait généralement très bien l'affaire car quasiment jamais utilisé par ailleurs.

Juste avoir conscience que dans ce cas, il faudra une étape de datamanagement un peu spécialisé pour extraire l'information.

16.2 - Construire les variables

16.2.1 - Choisir des noms de variables

16.2.1.1 - Unique

Chaque nom doit identifier une variable d'une manière unique. Aucune colonne ne doit avoir le même nom.

16.2.1.2 - Concis et parlant

Se limiter aux mots clés décrivant la variable, sans les déterminants de liaison.

Compromis entre trop concis, donc peu compréhensible, et trop verbeux.

16.2.1.3 - Bien formaté

Les noms de variable doivent être compatibles avec les logiciels de traitement statistique. Il est ainsi préférable de suivre des conventions de nommage courantes en informatique :

seulement des caractères alphanumériques et le caractère « _ » (underscore). Un chiffre ne doit pas se trouver en première position.
caractères interdits : lettres accentuées, caractères de ponctuation, espace, opérateurs mathématiques (dont le « - »), caractères spéciaux.

Exemples incorrects :

nom	ce qui ne va pas
date admission	présence d'une espace
date_d'admission	apostrophe
date-admission	signe « - » = soustraction mathématique
1date	chiffre en première position

Deux options pour marquer la séparation des mots clés, afin d'améliorer la lisibilité :

première lettre de chaque mot en majuscule : par ex., DateAdmission, LeucocytesJ0. Dans ce cas, on veillera à mettre une majuscule aussi aux variables ne contenant qu'un seul mot, pour plus de cohérence (ex. : Poids, Age),
caractère « _ » : par ex., date_admission, leucocytes_J0. Les variables ne contenant qu'un mot resteront alors en lettres minuscules (ex. : poids, age).

Éviter :

ce qui ralentit la frappe, rendant la saisie pénible lors des analyses : tout en majuscules (ex. DATE_ADMISSION), combinaisons des deux techniques de séparation des mots (ex. Date_Admission). Une majuscule est en effet plus longue à saisir qu'une minuscule, donc l'éviter si elle n'est pas justifiée par la séparation des mots ou pour indiquer des sigles (par ex., HTA est OK),
ce qui diminue la lisibilité, notamment des mots collés sans changement de casse (ex. dateadmission ou DATEADMISSION).

Si les noms de variable (entête de colonne) occupent la 1^ere ligne du tableau, ne pas se priver d'utiliser quelques autres lignes pour expliciter ces variables (signification, valeurs attendues...), en prenant garde de ne pas les importer dans le logiciel d'analyses statistiques à la fin. On peut même envisager d'utiliser la 2^e ligne pour les noms de variable et d'indiquer des groupes de variables dans la 1^ere (notamment cellules fusionnées colorées).

16.2.2 - Type de valeur

Règle absolue : le type de valeur (numérique, date, texte...) doit être constant pour toutes les cellules d'une variable donnée.

Par ex., pour recueillir la date d'un examen, on ne mélange pas des dates avec du texte comme commentaire (tel « examen non réalisé »). Si l'on veut enregistrer l'information « examen réalisé oui/non », deux possibilités : soit une absence de date est considérée comme l'équivalent d'un examen non réalisé, soit on ajoute une variable binaire dédiée.

16.2.2.1 - Numérique

Généralement utilisé pour représenter une variable quantitative, mais aussi pour une variable catégorielle dont les modalités sont codées par un nombre (ex. variable binaire : « 1 » pour « oui », « 0 » pour « non »).

Un croyance assez répandue voudrait qu'il faut privilégier un encodage numérique des modalités d'une variable catégorielle plutôt que la saisie des modalités elles-mêmes. C'est assez souvent faux ! Cf. ci-dessous

Concernant les nombres décimaux, le format doit être homogène dans tout le fichier : il faut choisir un fois pour toutes le séparateur de décimale « . » (anglo-saxon) ou « , » (francophone). Régler pour cela la langue du fichier.

16.2.2.2 - Date

Là encore, le format doit être homogène dans le fichier. On pourra utiliser le format « YYYY/MM/JJ » ou « JJ/MM/YYYY » (francophone).
Éviter le format anglo-saxon « MM/JJ/YYYY », auquel on n'est pas habitué et qui est donc associé à un risque d'erreur de saisie par confusion entre jour et mois.

16.2.2.3 - Catégoriel

Il s'agit d'une variable qualitative dont les réponses possibles sont toutes connues à l'avance.

Sauf si le codage numérique des modalités est évident, comme dans le cas d'une variable binaire, on lui préfèrera généralement la saisie de valeurs explicites, c-à-d une valeur textuelle, avec possibilité de caractère accentué (contrairement aux noms de variable), mais plutôt concise. Ex., une variable Transfert pourra recevoir une valeur « domicile » plutôt que « sortie vers le domicile ».

Concernant l'encodage numérique des modalités :

avantage : saisie plus rapide... et c'est tout,
inconvénients, non négligeables :
- risque d'erreur de saisie si oubli de la signification du code,
- lecture plus difficile,
- variable considérée par défaut comme numérique lors des analyses statistiques. Or des opérations mathématiques sur ces valeurs numériques n'ont aucun sens.

Par ex., variable Sexe avec des valeurs « 1 » / « 2 », ou, pire, « 0 » / « 1 » : la signification de ces codes n'est pas évidente.

La notation d'une valeur donnée doit être strictement homogène au sein d'une variable, au caractère près, y compris la casse et une éventuelle espace surnuméraire avant ou après un mot (invisible).

Ainsi :

"une valeur" ≠ " une valeur" ≠ "une valeur ",
"Une valeur" ≠ "une valeur".

16.2.2.4 - Binaire

Cas particulier du type catégoriel, destiné à recevoir une valeur positive ou négative, on pourra saisir des modalités « oui »/« non », « vrai »/« faux » ou tout simplement le code « 1 »/« 0 », très explicite et beaucoup plus rapide à saisir.

16.2.2.5 - Texte libre

Concerne généralement une variable qui ne sera pas analysée, car inexploitable, mais dont la présence est utile dans le tableau de données à d'autres fins. Par ex. :

commentaires,
n° d'identification des individus : une valeur différente pour chaque sujet, donc pas de modalité prédéfinie, et pas de calcul associé à cette variable (même s'il s'agit d'un nombre).

16.2.2.6 - Valeur manquante

C'est le type de valeur qui concerne tous les tableaux de données, même si le recueil tente de les limiter au maximum.

Deux possibilités de gestion :

utilisation d'une ou plusieurs valeur(s) exclusivement dédiée(s) à cette fin dans le tableau. Il peut s'agir de « NA » (= non applicable), « ND » (non défini), « NC » (non connu)...
- avantage : explicitation possible de la raison du caractère manquant d'une valeur, pour, éventuellement, aider une complétion itérative du tableau : on ne cherchera qu'à compléter les « NC », les « NA » étant expliqués par le contexte du sujet et donc « normaux »,
- inconvénient : principalement une limitation des possibilités de contrôle de saisie (cf. infra), surtout pour les variables numériques.
case vide : acceptable dans la mesure où le pourquoi du caractère manquant d'une valeur n'est pas pris en compte par le logiciel d'analyses statistiques, et a plutôt sa place dans le CRF.
- avantages : saisie plus rapide (= aucune saisie) et contrôle de saisie plus facile à configurer,
- inconvénients : perte d'information concernant la raison d'une valeur manquante (mais qui peut être remplacée par une couleur de cellule, ou, surtout, explicitée dans le CRF) et risque de saisie inaperçue d'espace. Se souvenir en effet que les valeurs " " (espace) et "" (vide) sont différentes !

Quelque soit la technique choisie, elle doit être homogène dans tout le tableau.

16.2.3 - Contrôle de saisie

C'est la fonctionnalité des logiciels tableur qui permet d'avoir des données propres.

Il s'agit de préciser les valeurs qu'il y est possible de saisir pour toutes les variables, à l'exception de celles au format texte libre, pour n'accepter que des valeurs cohérentes.

Selon le type de variable :

numérique : en général, bornes d'acceptabilité (valeurs minimale et maximale). Ceci est aussi à appliquer pour les variables binaires codées « 1 »/« 0 », pour lesquelles les conditions seront : nombre entier, minimum = 0, maximum = 1,
date : bornes également,
catégoriel : définir une liste exhaustive des modalités possibles, de préférence dans une plage de cellule présente dans une autres feuille. Ceci permettra aussi de faciliter la saisie, en proposant une liste déroulante des valeurs possibles (même si la saisie directe peut parfois être plus rapide si les modalités contiennent très peu de lettres, comme « M »/« F » pour le sexe).

Se référer au tutoriel du logiciel tableur, ici pour LibreOffice, ici pour Excel.

16.3 - Configurer l'affichage du tableau

Quelques trucs qui rendent un tableau de données plus agréable :

« fixer » les 1^ere colonne et ligne, permettant d'avoir toujours en vue la variable et le n° du sujet concernés par la valeur en cours de saisie (si ce n° se trouve bien dans la 1^ere colonne). Voir les tutoriels : ici pour Libreoffice, ici pour Excel,
couleurs de lignes alternées, permettant d'éviter de se tromper de ligne lors de la saisie ou la lecture. Voir les tutoriels : ici pour LibreOffice, ici pour Excel.

17 - Exemples de tableau de recueil

Audit sur l'antibioprophylaxie au bloc opératoire du GHRMSA. Le CRF est disponible dans l'article (NB : on remarquera qu'il ne s'agit pas d'un vrai CRF, mais plutôt d'un document source, nominatif).
- Les n° d'anonymat sont une suite arithmétique simple et peuvent donc être anticipés.
- Des listes de valeurs possibles pour certaines variables catégorielles se trouvent en feuille 2.
  
  Format ODS
  
  Format XLSX

Étude rétrospective (tableau partiel). Particularités :
- protection par mot de passe (= TttRendBoite),
- « vrais » noms de variables dans la 3^e ligne, qui est masquée, les deux premières lignes étant destinées à les expliciter pour faciliter la saisie,
- n° patient pas vraiment anonyme = IPP, justifié par le besoin d'un croisement avec des données biologiques extraites automatiquement du dossier patient informatisé,
- manque une coloration alternée des lignes.
  
  Format ODS
  
  Format XLSX

Création d'un protocole de recherche

DEGOUL Samuel — 2020-11-23T12:16:57Z

Sommaire

18 - Contenu du cours

Notes prises en live, sous la forme d'une carte heuristique avec le logiciel Freeplane.

18.1 - Le 10/12/2021

Format image

Carte heuristique - fichier source (Freeplane)

18.2 - Le 23/11/2020

Format image

Carte heuristique - fichier source (Freeplane)

19 - Exemples

Exemples personnels de l'auteur.

19.1 - Étude des effets des variations du retour veineux sur l'Analgesia Nociception Index au cours de l'anesthésie générale

Protocole officiel - version rédigée

Protocole - support de présentation (version courte)

Protocole - support de présentation (version longue)

19.2 - Étude « CrisColl »

Publiée en 2020 : Degoul S, Chazard E, Lamer A, Lebuffe G, Duhamel A, Tavernier B. lntraoperative administration of 6% hydroxyethyl starch 130/0.4 is not associated with acute kidney injury in elective non-cardiac surgery : A sequential and propensity-matched analysis. Anaesth Crit Care Pain Med. 2020 Apr ;39(2):199-206. doi : 10.1016/j.accpm.2019.08.002. Epub 2020 Feb 14. PMID : 32068135.

Protocole - version rédigée

Protocole, sans background - support de présentation

20 - Dates

Le contenu étant revu à chaque nouveau cours, n'est disponible que la dernière version correspondant au dernier cours dispensé.

23/11/2020 : étudiants de l'IFMK d'Alsace, 3^e année (visioconférence)
10/12/2021 : étudiants de l'IFMK d'Alsace, 3^e année

Composition documentaire : aspects techniques

DEGOUL Samuel — 2020-03-08T17:50:43Z

Cet article vise à expliquer les principes de composition documentaire, texte, support de présentation orale..., sur le plan technique, orientés vers une application en science même si la grande majorité est aussi applicable pour tout autre domaine.

Ce dont cet article ne parle pas :

principes de rédaction scientifique (plan IMReD...),
soumission d'un article pour publication.

À faire / compléter :

écrire une section concernant l'utilisation des fonctionnalités de style de paragraphe d'un logiciel de traitement de texte,
fournir des exemples de documents,
expliquer en quoi LibreOffice n'a pas à rougir face à Microsoft Word, qu'on dit classiquement plus puissant et plus intuitif (c'est partiellement vrai, mais pas pour tout, et très rarement du point de vue de l'utilisateur « moyen » en faisant une utilisation « moyenne »).

21 - Format de fichier en bureautique

21.1 - Format de fichier : quésaco ?

21.1.1 - Texte brut

Explication
Il s'agit d'un fichier contenant seulement les caractères composant les mots, sans mise en forme.

Attention, certains caractères sont peu ou pas visibles mais sont bien des caractères au sens informatique : tabulation, retour à la ligne, espace insécable...

Utilisation
Contrairement à ce que l'on peut croire, les fichiers en texte brut sont partout dans notre ordinateur, et bien plus fréquents que les documents habituels de bureautique. Il peut s'agir de :

code informatique : code source d'un programme,
fichier de paramétrage,
fichier de journalisation d'un programme (les logs).

De tels fichiers sont lisibles par un humain bien sûr, mais aussi par la machine ce qui en fait tout leur intérêt.

Type de fichier :

le fameux format « TXT » : fichier avec l'extension .txt,
mais en fait plein d'autres, notamment pour tous les types de code informatique. Par ex., pages des sites web (format HTML), informations structurées par des « balises » libres tel XML...

Notion d'encodage
Explication : en informatique, toute information est utilisée sous forme binaire. On entend par « encodage » la façon dont sont codés les caractères avec une suite de « 0 » et de « 1 ».
Les principaux encodages qui nous concernent sont :

ASCII : le plus simple, ne permet d'encoder que les chiffres, les lettres de l'alphabet non accentuées et les caractères courants de ponctuation. Bien adapté pour la langue anglaise, il rencontre vite des limites du fait de l'impossibilité de gérer les caractères « spéciaux ».
ISO 8859-1, aussi appelé « Latin 1 » ou « Europe occidentale » puisqu'il couvre les caractères que l'on rencontre dans les langues de cette région du monde.
UTF-8 (Unicode) : permet de coder tous les caractères d'écriture du monde, langues non alphabétiques incluses. C'est donc le plus utilisé, aux dépends des deux précédents.

Quand un logiciel nous demande de choisir un « encodage », préférer systématiquement l'UTF-8.

Tout le monde a déjà rencontré un document, une page web ou un courriel s'affichant mal du fait d'erreur d'encodage. L'image ci-dessous en donne une illustration.

Erreur d'encodage : le logiciel essaie d'appliquer un encodage ISO 8859-1 sur un document encodé avec UTF-8.

Logiciel pour l'édition de texte brut = « éditeur de texte »
Il s'agit souvent d'un éditeur spécialisé de code informatique, mais certains sont généralistes, tel le bloc-note de Windows (très limité au demeurant).
Liste absolument pas exhaustive :

sous Windows :
- bloc note (Notepad)
- Notepad++
logiciels libres, fonctionnant aussi sous GNU/Linux :
- Gedit,
- Geany,
- Vim,
- Emacs.
  Les deux derniers sont très puissants mais de maîtrise difficile et sont donc utilisés par les geeks.

21.1.2 - Fichier texte formaté

Explication
Ce type de fichier contient :

caractères composant les mots bien sûr,
mais aussi toutes les informations de mise en forme des caractères (par ex. type de police, graisse de la police, couleur...), des paragraphes, des pages...,
ainsi que d'éventuelles métadonnées : auteur du document, date de création ou de modification...

Utilisation
Il s'agit de l'utilisation classique connue de tous pour la rédaction de documents « agréables à voir », en vue d'une lecture humaine (et seulement ça : un programme informatique a du mal à en extraire des informations, même si ce n'est pas impossible).

Structure du fichier :

contenu en mots, avec les mêmes notions d'encodage des caractères,
« encapsulation » du texte par les instructions de formatage via des fichiers d'instructions
- en texte brut,
- ou directement au format binaire.

Format OpenDocument Text = archive au format ZIP contenant de nombreux fichiers XML

Nombreux formats existants
Selon les utilisations :

document texte « classique »,
support de présentation orale [1],
livre électronique (eBook),
...

Souvent propres à un logiciel particulier, mais pas toujours, surtout si la spécification du format est ouverte.

Logiciel = traitement de texte bureautique
Par ex., parmi les plus connus :

LibreOffice,
Microsoft Word.

21.2 - Quel format utiliser pour éditer un document texte ?

21.2.1 - Texte brut

Avantages :

simplicité,
éditable avec n'importe quel logiciel éditeur de texte [2],
taille de fichier très réduite,
pérennité : la lecture du fichier est garantie à l'avenir, car celle-ci ne dépend pas d'un format bureautique ni d'un logiciel de traitement de texte particulier.

Inconvénients :

lisibilité médiocre,
- du fait de l'absence de formatage du texte,
- seul moyen de structurer le texte = sauts de ligne
peu connu [3].

En pratique :
Utilisation limitée à de petits documents
Par ex. :

des notes,
fichier Readme.

Mais il faut savoir que ça existe et ce que c'est.

21.2.2 - Fichier texte formaté

Les formats de fichiers existants suivent des standards.

À propos des standards

Il est largement préférable, voire, en science, moralement obligatoire, d'utiliser un format suivant un standard ouvert, c'est-à-dire dont les spécifications peuvent être connues de tous pour pouvoir être appliquées par tous les éditeurs de logiciels.

Sinon :

ben, c'est comme si on nous demandait de nous exprimer dans une langue sans nous fournir de dictionnaire : ce n'est pas trop l'idée d'un travail scientifique,
on favorise le monopole commercial de l'entreprise à l'origine du standard. C'est le cas d'Office Open XML de Microsoft.

OpenDocument Format (ODF)

Il s'agit des fichiers avec les extensions :
- .odt pour « OpenDocument Text » (document texte),
- .odp pour « OpenDocument Presentation » (support de présentation orale),
- .ods pour « OpenDocument Spreadsheet » (tableur),
- ...

Avantages :
- un vrai standard ouvert,
- seul format recommandé pour les documents bureautique par le Référentiel général d'interopérabilité (Direction Interministérielle du Numérique et du Système d'Information et de Communication de l'Etat) [4],
- les logiciels qui permettent au mieux de l'utiliser sont libres et gratuits.
Inconvénient principal : relativement peu connu, même si des institutions l'utilisent couramment (écoles, universités, gendarmerie nationale...).
Logiciels :
- LibreOffice : dérivé du logiciel OpenOffice [5], il est recommandé pour l'édition de documents bureautique par le Socle interministériel de logiciels libres [6],
- mais aussi d'autres : voir cet article.

Office Open XML (OOXML)

Il s'agit des fichiers avec les extensions :
- .docx pour les documents texte (Word),
- .pptx pour les supports de présentation orale (PowerPoint),
- .xlsx pour les documents tableur (Excel).

Et j'insiste sur le « x » à la fin de ces extensions. Les .doc, .ppt et .xls correspondent à d'autres formats très différents, bien que les mêmes logiciels puissent les produire, c'est-à-dire ceux de la suite Microsoft Office (voir infra).

Avantage : le plus utilisé, souvent inconsciemment puisque la suite Microsoft Office est le logiciel de bureautique le plus utilisé et qu'il s'agit de son format par défaut,
Inconvénients :
- processus de normalisation douteux, et pas « neutre » car très lié à la suite Microsoft Office. Voir cet article concernant le processus de standardisation d'OOXML,
- les spécifications sont si complexes et lourdes qu'en pratique, même Microsoft a du mal à les implémenter correctement,
- non recommandé par le Référentiel général d'interopérabilité [7],
- les logiciels permettant de l'utiliser au mieux (en pratique, Microsoft Word) sont propriétaires et payants.
Logiciels :
- Microsoft Office,
- autres : voir cet article.

Ne pas confondre logiciel utilisé et format du fichier produit !

on peut éditer de l'OOXML avec LibreOffice, malgré quelques limitations de compatibilité (assez mineures, surtout des petits décalages de mise en page),
on peut éditer de l'ODF avec Microsoft Office ; mais s'attendre alors à de sérieuses limitations (quelques explications ici).

Note importante : formats fermés propriétaires

Les plus connus sont ceux utilisés par Microsoft Office < 2007, et qui ont malheureusement la peau dure et sont encore courants aujourd'hui : .doc pour les documents texte (Word), .ppt pour les supports de présentation orale (PowerPoint)... Il s'agit de formats fermés et binaires, dont la perennité n'est pas du tout garantie.
suite iWork d'Apple : Keynote, Pages...

Si vous vous souciez un peu de ceux avec qui vous partagez ces documents et souhaitez établir une gestion pérenne de vos documents, n'utilisez pas ces formats de fichiers, surtout pour un travail scientifique !

21.2.3 - Langages de balisage

Explication
Il s'agit de fichier en texte brut dont certains caractères, ou suite de caractères, ont une fonction de mise en forme et ne participent donc pas au contenu du message.

Par ex,

HTML : le texte entre les balises
et
correspond à un titre de niveau 1 d'une page web (pour le présent article, c'est son titre en haut de la page),
Markdown : l'encadrement d'un texte par ** correspond à une forte mise en évidence (gras).

Langages légers
Il s'agit de langages de balisage légers adaptés à l'édition de texte structuré mais de mise en forme simple.

Markdown,
Org mode,
reStructuredText,
pour la création des articles de ce site web : syntaxe du système de gestion de contenu SPIP.

LaTeX : la grande star de la composition documentaire
Présentation : il s'agit d'un système de composition documentaire très ancien (années 1980) qui fait, en pratique, le travail précis d'un typographe, avec toutes les règles de présentation que cela implique, et qui sont souvent mal gérées par les traitements de texte classiques.

Domaines d'utilisation :

sciences « dures », surtout du fait de l'édition de formules mathématiques, et monde de l'enseignement,
mais pas seulement : écriture musicale, édition professionnelle...

LaTeX est adapté à des documents structurés de toute taille, d'une lettre à un livre complet, pour diverses utilisations :

document rédigé classique : livre, mémoire, thèse, article,
support de présentation orale,
rapport d'analyses statistiques (dans une optique de recherche reproductible),
partition musicale,
...

Fonctionnement : la création du document s'effectue en deux temps :

composition dans un langage de balisage = code source,
compilation par l'ordinateur vers un langage de description de page (par ex. PDF).

Avantages :

qualité de rendu inégalable. Il est même difficile de faire un document mal présenté ! [8]
approche WYSIWYM (cf. infra),
le code source est du texte brut donc :
- fichier très léger,
- pérennité du document,
- gestion de version par des outils génériques puissants tel git.

Inconvénients :

très peu connu hors de ses milieux de prédilection,
courbe d'apprentissage non négligeable.

Logiciels nécessaires :

composition : éditeur de texte brut, de préférence spécialisé, permettant une coloration syntaxique des « balises » et des raccourcis pour aider la composition (voir une liste ici),
compilation : « distribution » LaTeX.

De nombreuses ressources disponibles sur ce site web été réalisées avec LaTeX. C'est le cas de la plupart des supports de présentation orale des cours que j'ai mis en ligne et des rapports d'analyses statistiques. Souvent, je mets à disposition le code source.

21.3 - Dans quel format distribuer le document ?

Il y a deux cas de figure :

21.3.1 - Si le document est destiné à être modifié par d'autres

Utiliser alors le format d'édition original, bien entendu.
Mais s'assurer que les autres personnes aient la possibilité d'éditer sereinement le fichier, c'est-à-dire qu'elles disposent d'un logiciel capable de gérer ce format !
Donc, hors contexte d'entreprise ou de groupe ayant accès aux mêmes logiciels, envoyer un document dans un format fermé tel ceux de Microsoft est :

pour qui ne connaît pas le problème (donc pas vous, qui lisez cet article) le témoin de son ignorance,
pour qui connaît le problème (donc vous) un manque d'empathie pour vos correspondants et/ou une attitude passive, préfèrant succomber au poids des habitudes au lieu de réfléchir et de faire un peu d'effort pour s'y mettre.

21.3.2 - Si le document n'est destiné qu'à la consultation (lecture seule)

C'est le cas le plus fréquent !

Par ex.

publication,
support de présentation orale,
affiche d'information,
notice d'utilisation,
...

Utiliser dans ce cas le format PDF, assurant une uniformité du rendu pour tous les lecteurs quelque soit le logiciel de lecture du PDF utilisé.

22 - Étapes de la composition

22.1 - Plusieurs étapes distinctes

organiser les idées,
- définir le(les) message(s),
- structurer le document,
rédiger,
mettre en forme,
relire.

22.2 - Deux approches

Composition en un seul temps : What You See Is What You Get (WYSIWYG)
On visualise le rendu final pendant la composition (texte et mise en forme à la fois)
Ex.

texte brut non formaté,
texte formaté avec les logiciels de bureautique habituels.

Composition en deux temps : What You See Is What You Mean (WYSIWYM)

Rédaction puis transformation vers une version destinée à la lecture.

Ex.

LaTeX,
autres langages de balisage.

Comparaison entre ces deux approches
Au premier abord, l'approche WYSIWYG paraît la plus simple. C'est en effet la plus connue, mais pas forcément la meilleure.

En effet,

l'approche WYSIWYM favorise la distinction entres les étapes « rédaction » et « mise en forme », et force aussi à organiser les idées avant la rédaction,
la mise en forme est là pour contribuer au message, et non pour faire joli. Or la mise en forme manuelle avec les logiciels bureautique :
- entraîne souvent une perte de temps puisqu'elle est réalisée en même temps que la rédaction et que les fonctionnalités de styles de paragraphes sont souvent peu voire pas utilisées, là où les langages de balisage ne laissent pas le choix,
- fournit un résultat moins bon qu'une mise en forme professionnelle respectant les règles typographiques, dont certaines sont spécifique de la langue du document (on pense particulièrement à LaTeX).

Donc l'approche WYSIWYM est plus efficace, à condition de l'apprendre (déroutant au début).

Un bonne référence : Traitements de texte : stupides et inefficaces, notamment le chapitre « II-A. Composition et typographie ».

22.3 - Exemple : composition du présent article

Organiser les idées : cette étape à été réalisée à l'aide de cette carte heuristique

Carte heuristique (état du 08/03/20)

Contenu du fichier = archive ZIP, avec :
- la carte heuristique dans son format d'édition (logiciel utilisé : Freeplane 1.7.5),
- un export au format image PNG,
Rédiger : écriture du code source
- combinant deux langages de balisage légers : Markdown et syntaxe propre à SPIP,
- rapide : les idées sont toutes prêtes, il suffit d'un export depuis la carte heuristique puis d'un complément de rédaction pour mettre du « liant » dans le texte,
  
  Source, format texte brut bien sûr ! (état du 08/03/20)
Mettre en forme : pas besoin, la feuille de style CSS de ce site web s'occupe de tout !
Relire : le rédacteur, et vous, cher lecteur, qui pouvez laisser des commentaires via le forum ci-dessous 😉.

[1] Appelé à tort d'une façon générique un « PowerPoint ».

[2] Et même un traitement de texte, mais c'est idiot.

[3] Alors que ça devrait faire partie des connaissances de base de tout utilisateur de l'informatique. C'est un peu comme si un médecin connaissait l'échocardiographie mais pas l'auscultation cardiaque...

[4] C'est une justification de poids, non ? Il en est de même au Royaume-Uni.

[5] On pourrait presque dire feu-OpenOffice.

[6] Un autre argument de poids, et toc !

[7] Et re toc !

[8] Pour exemple, je vous invite à comparer les documents fournis comme « matériel » pour ce cours : le fichier version_originale.pdf a été réalisé avec LaTeX, et document_ameliore.pdf est le résultat d'une réécriture avec LibreOffice (et plutôt bien faite !) : la différence saute aux yeux pour quelqu'un d'averti.